Hubungan politik antara Republik Indonesia dengan Vatikan dimulai pada tahun 1950 dengan status Internunciatur Apostolik.
Barulah pada bulan Desember 1965, status ini diubah menjadi Nunciatur Apostolik.
Georges Marie Joseph Hubert Ghislain de Jonghe d'Ardoye merupakan Duta Besar Vatikan pertama di Indonesia dan sempat bertemu dengan Presiden Soekarno tahun 1947.
Dikutip dari laman nunciatureindonesia.org, Dua Paus asal Vatikan, Paulus VI dan Yohanes Paulus II, sudah pernah mengunjungi Indonesia.
Beberapa Presiden Indonesia sudah berkunjung ke Vatikan seperti Presiden Soekarno yang sudah empat kali berkunjung, dan Megawati.