Wakil Sekretaris Badan Penanggulangan Ekstremisme dan Terorisme Majelis Ulama Indonesia, Najih Arromadloni, menjelaskan keterkaitan Al-Zaytun dengan NII merupakan fakta sejarah yang tidak bisa dibantah. Eksistensi NII sendiri sebenarnya bisa ditarik mundur hingga zaman Orde Lama. Pada masa itu, Pemerintah Indonesia yang dipimpin Presiden Soekarno pernah beberapa kali menghadapi gerakan pemberontakan. Mereka yang memberontak pada pemerintahan sah melihat ada celah untuk bergerak saat Indonesia masih membangun stabilitas nasional pasca-penjajahan Belanda dan Jepang. Meski pemimpinya telah ditangkap, NII kemudian mengubah strateginya.