Badan Nasional Penanggulangan Terorisme (BNPT) menyatakan, ajaran yang terdapat di Ma'had Al Zaytun bisa dikategorikan sebagai paham radikalisme.
Direktur Deradikalisasi BNPT, Brigjen Pol. R. Achmad Nurwakhid mengatakan, ajaran tersebut belum tergolong sebagai kategori terorisme.
Menurutnya, ajaran yang terdapat di Al Zaytun, prosesnya mirip dengan ajaran yang ada pada aliran Al Qiyadah Al Islamiyah atau Gerakan Fajar Nusantara pimpinan Ahmad Mushaddeq, yang sempat populer pada 2016 silam.
Hanya saja, Panji Gumilang (Pimpinan Ma'had Al Zaytun) tidak sampai membaiat dirinya sebagai seorang nabi.