Hot Issue

Cara Mendeteksi dan Mengonfirmasi Varian Covid-19 Omicron

Kamis, 9 Desember 2021 11:20 Reporter : Supriatin
Cara Mendeteksi dan Mengonfirmasi Varian Covid-19 Omicron Corona. Unsplash ©2020 Merdeka.com

Merdeka.com - Virus Covid-19 terus bermutasi sejak ditemukan akhir 2019 lalu. Teranyar, dunia digegerkan dengan kemunculan varian Omicron.

Varian ini pertama kali ditemukan di Afrika Selatan. Data pemerintah, varian Omicron belum terdeteksi di Tanah Air sampai hari ini.

Kementerian Kesehatan menjelaskan. Tidak semua laboratorium bisa mendeteksi varian Omicron. Sebab, pemeriksaan varian Omicron harus melalui tahapan whole genome sequencing.

Proses ini hanya bisa dilakukan di 20-an laboratorium. Seperti laboratorium Litbangkes Kementerian Kesehatan, Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Genomik Solidaritas Indonesia (GSI), Universitas Gadjah Mada (UGM), dan Universitas Airlangga (Unair).

"(Pemeriksan) hanya bisa di Litbangkes dan GSI lab," kata Plt Dirjen Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Kementerian Kesehatan, Maxi Rein Rondonuwu.

2 dari 5 halaman

Proses Pemeriksaan Varian Omicron

Mengutip sejumlah artikel, WHO menyebut tes PCR (Polymerase Chain Reaction) yang banyak digunakan saat ini bisa mendeteksi varian Omicron.

Tahapan awal tes PCR dimulai dengan pengambilan sampel dari hidung dan tenggorokan untuk mendeteksi seseorang terinfeksi virus Corona.

Sampel kemudian dikirim ke laboratorium untuk dianalisis, sehingga dapat menunjukkan apakah varian yang menyebabkan infeksi terlihat seperti Omicron, Delta atau varian lainnya.

Tes akan melihat tiga gen yang terkait dengan bagian dari virus yakni spike (S), nucleocapsid (N2) dan cangkang (E). Apabila gen S tidak terdeteksi, maka kemungkinan infeksi disebabkan oleh Omicron. Sebaliknya, bila gen S terdeteksi, maka kemungkinan infeksi bukan disebabkan oleh Omicron.

Hasil swab PCR positif untuk Omicron ini kemudian akan dianalisis genetik secara penuh, menggunakan teknik yang disebut dengan pengurutan genomik (whole genome sequencing).

Epidemiolog dari Centre for Environmental and Population Health Griffith University Australia, Dicky Budiman, berpandangan. Mendeteksi varian Omicron cukup menggunakan PCR. Meski juga melalui tahapan whole genome sequencing.

Dia mengambil contoh di Afrika Selatan. Mayoritas pendeteksian varian Omicron di negara tersebut hanya mengandalkan PCR. Selama PCR tidak mendeteksi protein S, maka bisa disimpulkan terjangkit Omicron.

Whole genome sequencing kurang dipakai karena membutuhkan banyak anggaran. Selain itu, WHO juga merekomendasikan pemeriksaan varian Omicron cukup dengan PCR.

"Ini juga sesuai rekomendasi WHO, cukup PCR. Kalau memang PCR tidak mendeteksi Gen S atau Gen S-nya drop out, ya itu Omicron. Itu sederhananya begitu saja," katanya saat dihubungi merdeka.com.

Sementara mantan Direktur Penyakit Menular WHO Asia Tenggara, Prof. Tjandra Yoga Aditama berpendapat pendeteksian Covid-19 varian baru idealnya menggunakan whole genome sequencing. Dia menyadari kemampuan whole genome sequencing di Indonesia lebih rendah dibanding negara lain, seperti India dan Singapura.

Berdasarkan data dari GISAID pada 1 Desember 2021, Singapura sudah melaporkan 10.151 sequencing, Afrika Selatan 23.917 sequencing, India 84.296 sequencing, dan Indonesia hanya 9.265 sequencing.

"Indonesia jauh sekali tertinggal dengan Singapura dan India," ujarnya.

Menurut Prof. Tjandra, satu daerah patut dicurigai terdapat kasus varian Omicron saat terjadi peningkatan S Gene Target Failures (SGTF) pada pemeriksaan sampel. S Gene Target Failures adalah kondisi di mana Gen S atau spike protein tidak terdeteksi saat dilakukan tes sampel. Spike protein merupakan pintu masuk bagi sebuah virus dan mutasinya.

Pandangan serupa disampaikan Kepala Lembaga Biologi Molekuler (LBM) Eijkman, Amin Subandrio. Dia menilai deteksi varian Omicron memang sebaiknya melalui tahapan whole genome sequencing. Saat ini, proses whole genome sequencing di Indonesia relatif lebih baik dari sebelumnya yakni hanya beberapa hari. Sebelumnya berkisar satu sampai dua minggu.

"Tapi sekarang kita berupaya untuk bisa menghadirkan laporannya (whole genome sequencing) itu dalam waktu 2-3 hari," katanya.

Menurut Amin, pendeteksian varian Omicron bisa menggunakan sequencing pendek. Namun, waktu pemeriksaannya tetap hampir sama dengan whole genome sequencing. Sequencing pendek biasanya hanya menganalisis bagian-bagian tertentu pada varian baru, sementara whole genome sequencing mencakup keseluruhan.

"Kalau Omicron ini kan ada 50 mutasi, hanya 30 yang ada di gen S saja. Jadi kalau mau whole genome sequencing saja. Tidak banyak bedanya sih," ucapnya.

3 dari 5 halaman

Perbandingan Bentuk Omicron dan Varian Lain

Amin menjelaskan, bentuk varian Omicron sama dengan Delta maupun varian lainnya, yang membedakan hanya pada asam aminonya. Pada varian Omicron, asam aminonya lebih banyak. Penambahan asam amino ini yang mengubah fenotipe.

Fenotipe adalah karakteristik dari organisme yang diatur oleh genotipe. Karakteristik ini bisa berupa struktural, biokimiawi, fisiologis, dan perilaku.

"Asam aminonya berubah, otomatis fungsinya juga berubah. Jadi sifatnya berubah, mempengaruhi antibodi, obat. Jadi semakin banyak mutasi, semakin banyak perubahan sifat," jelas dia.

Meski terjadi perubahan pada fenotipe, bentuk varian Omicron tidak mengalami perubahan dari sebelumnya. Mahkotanya masih sama.

"Kalau bentuk virusnya enggak ada perubahan karena itu Coronavirus," kata dia.

Sedangkan ahli Virologi Universitas Udayana Bali, I Gusti Ngurah Kade Mahardika menyebut, protein spike Omicron memiliki asam amino hingga 1.200. Perbedaan asam amino Omicron dengan varian lain lebih dari 30. Persentasenya masih di bawah 5 persen. Umumnya, perbedaan asam amino pada varian yang bermutasi hanya 5 sampai 10.

"Jadi kalau 5 persen itu 60, kalau 30 berarti 2,5 persen. Hanya 2,5 persen perbedaan dibandingkan virus yang lain, kecil, tapi pas dibandingkan dengan varian yang lain itu memang jadinya banyak," katanya.

4 dari 5 halaman

Seberapa Bahaya Varian Omicron?

WHO dan pakar medis menyampaikan varian Omicron memang sangat menular. Namun, varian tersebut tak menimbulkan bahaya lebih tinggi hingga fatalitas pada manusia.

Para ahli dari WHO menilai varian Omicron super ringan. Dokter menyebut tidak ada kematian atau penyakit utama yang dilaporkan akibat dari varian baru tersebut.

"Gejala variasi baru tidak seserius bentuk Delta," kata Dr Angelique Coetzee dari Asosiasi Medis Afrika Selatan.

Dicky Budiman berpendapat, varian Omicron tetap harus diwaspadai meskipun tidak meningkatkan risiko kematian. Dia mengingatkan, terinfeksi SARS-CoV-2 bisa diikuti dengan long Covid-19.

Data sementara, 30 persen dari penyintas mengalami long Covid-19. Kondisi ini bisa menurunkan kualitas sumber daya manusia (SDM). Dampak jangka panjang long Covid-19 yang patut diwaspadai ialah kerusakan paru, ginjal, hingga jantung.

"Itulah sebabnya, prinsipnya lebih baik mencegah daripada terinfeksi (Covid-19)," ujarnya.

5 dari 5 halaman

Asal Usul Varian Omicron

Varian Omicron pertama kali terdeteksi di Afrika Selatan pada 9 November 2020. Badan Kesehatan Dunia atau WHO meneliti varian tersebut pada 24 November 2021.

Dua hari setelahnya atau 26 November 2021, WHO menetapkan Omicron sebagai variant of concern (VoC). Varian ini berbeda dengan varian sebelumnya yang melalui status Variant of Interest (VoI) atau under of investigation terlebih dahulu.

Omicron memiliki karakteristik berbeda dengan lainnya. Varian yang memiliki 50 mutasi pada spike protein ini kemungkinan bisa meningkatkan transmisi penularan. Juga mungkin dapat menurunkan antibodi atau efikasi vaksin.

Namun, varian ini belum diketahui persis kemampuannya dalam meningkatkan keparahan penyakit pada pasien.

"Belum ada konfirmasi (Omicron) meningkatkan keparahan," kata Menteri Kesehatan Budi Gunadi Sadikin.

Jika dilihat dari sisi gejalanya, Omicron tak berbeda jauh dengan varian Delta atau original dari Wuhan, Hubei, China. Bahkan, menurut epidemiolog Universitas Airlangga (Unair) Windhu Purnomo, gejala varian Omicron lebih mirip dengan gejala influenza. Seperti batuk hingga demam.

Dari sisi penularan, varian Omicron tak jauh berbeda dengan Delta. Keduanya sama-sama bisa menginfeksi penyintas Covid-19 dan orang yang sudah divaksinasi. Omicron juga bertransmisi lewat droplet.

Namun, tingkat fatalitas varian Omicron belum diketahui. Hingga saat ini, WHO belum menemukan karakteristik Omicron meningkatkan risiko fatalitas.

"Sampai hari ini, WHO sendiri, virolog sendiri belum tahu persis karakter dari Omicron itu seperti apa," kata Windhu. [lia]

Baca juga:
Botswana Klaim Tidak Ada Lonjakan Kasus Rawat Inap Akibat Varian Omicron
Pemkab Bekasi Akui Ada Kekeliruan Informasi, Pastikan Tak Ada Temuan Varian Omicron
Indonesia Mesti Waspada Varian Omicron
Rumah Sakit di Korsel Mulai Kewalahan Setelah Kasus Covid Capai 7.000 Lebih Per Hari
Daftar Kegiatan yang Masih Diperbolehkan Meski Ada Pengetatan Natal dan Tahun Baru
Tak Lakukan Penyekatan saat Nataru, Pemkot Makassar Tetap Waspadai Varian Omicron
Kemenkes Luruskan Dinkes Bekasi: Sampai Hari Ini, Omicron Belum Masuk RI

Ingat #PesanIbu

Jangan lupa Selalu Mencuci Tangan, Memakai Masker dan Menjaga Jarak Mari Bersama Cegah Penyebaran Virus Corona

Komentar Pembaca

Ingatlah untuk menjaga komentar tetap hormat dan mengikuti pedoman komunitas kami

Be Smart, Read More

Indeks Berita Hari Ini